Die Wasserrahmenrichtlinie der Europäischen Union hat zum Ziel, bis zum Jahr 2015 einen von der WRRL genau definierten "guten chemischen und ökologischen Zustand" aller Oberflächengewässer sowie eine "gute chemische und mengenmäßige Qualität" des Grundwassers zu erreichen bzw. zu erhalten. Ein wesentliches Element der Erfüllung dieser Aufgabe ist die Schaffung eines organisationsübergreifenden Instrumentariums der Informationsbearbeitung, welches die einheitliche, effiziente und zielorientierte Erarbeitung der erforderlichen Maßnahmeprogramme und Bewirtschaftungspläne ermöglicht.
DHI-WASY stellt sich mit der Entwicklung und Fortschreibung der Software WISYS dieser Aufgabe. Mehrere Projekte für die Aufgaben der Wasserrahmenrichtlinie wurden bereits erfolgreich abgeschlossen, bei deren Bearbeitung Komponenten dieser Softwarelösung genutzt werden konnten. So beteiligte sich DHI-WASY am interdisziplinären BMBF-Verbundvorhaben „Flussgebietsmanagement Werra, wo neue Planungsmethoden der Flussgebietsbewirtschaftung im Zuge der Umsetzung der EG-WRRL am Beispiel des Flusseinzugsgebietes der Werra untersucht wurden. Bei der Planung und multikriteriellen Bewertung exemplarischer Maßnahmen zur Erreichung der Umweltziele der Wasserrahmenrichtlinie spielten neben den ökologischen Bewertungsansätzen auch sozioökonomische Analysen eine große Rolle. Für die Bewirtschaftungsplanung wurde ein Entscheidungsunterstützungssystem entwickelt. Daten und Arbeitsergebnisse wurden im Informationssystem Werra mit dem WISYS-Kernmodell vorgehalten, welches als Systemrahmen für dieses Entscheidungsunterstützungssystem diente.
Die WRRL ist eine der ersten EG-Richtlinien, die eine Übermittlung von Karten und GIS-Daten (raumbezogene Informationen in digitaler Form) als Teil der Berichterstattung fordert. Das System WISYS wird in mehreren Bundesländern als GIS-basiertes Informationssystem für die anstehenden Aufgabenkomplexe Bestandsaufnahme, Monitoring und Bewirtschaftungsplanung genutzt. Aktueller Schwerpunkt in der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie ist dabei die Erstellung von Maßnahmenprogrammen bis zum Jahre 2009. Eine enge Zusammenarbeit besteht mit den zuständigen Behörden der Länder und Brandenburg. So erarbeitet DHI-WASY federführend gemeinsam mit einer Arbeitsgemeinschaft eine konzeptionelle Vorplanung für Maßnahmen an der Nuthe, welche in die vom Land Brandenburg aufgestellten Gewässerentwicklungskonzepte (GEK) einfließen wird.
Ein Fokus bei der Maßnahmenplanung, auch in den Ländern Berlin und Brandenburg liegt auf den zu hohen Nährstoffkonzentrationen in den Seen und Fließgewässern. Deshalb beauftragten beide Länder DHI-WASY mit der Kopplung von WISYS mit MONERIS. Das Stoffbilanzierungsmodell MONERIS (IGB) wird wie auch in anderen Bundesländern zum einen für die Ursachenanalyse (Anteil der unterschiedlichen Belastungspfade an den Stoffeinträgen), als auch für die Maßnahmenplanung genutzt.
Ein Beispiel für eine derartige Anwendung ist ein Projekt, in welchem für sieben aktuelle oder ehemalige Strandseen der Ostsee, der natürliche Zustand mit Hilfe von langfristigen Simulationen ermittelt wurde. Ein besonderer Fokus lag auf den Bauwerken, die den Austausch mit dem Meer beeinflusste oer steuerten. In einem zweiten Modellierungsschritt wurde die Bauwerkssteuerung optimiert werden mit dem Ziel naturnähere Zustände zu erzielen. Hierzu wurde die weltweit erprobten Modelle der MIKE-Familie angewandt.
Des Weiteren erarbeitet DHI-WASY in Zusammenarbeit mit dem NLWKN und OOWV (MPA ergänzen) ein Konzept zur Minimierung der Verockerungsprobleme an der Lethe. Hierfür wird das gesamte Einzugsgebiet nach umfassender Feldarbeit (Gewässergüte und Vermessungsarbeit) mit MIKE SHE integriert betrachtet und die Kommunikation zwischen Oberflächen- und Grundwasser ermittelt. Anhand dieser Kenntnisse wird ein Konzept erarbeitet, in dem Maßnahmen wie Grundwasserstandserhöhung, Fließgewässer- management und Bewirtschaftung berücksichtigt werden. Dadurch soll ein verbesserter ökologischer Zustand der Lethe erreicht werden.